Wiele osób zajmujących się uprawą bonsai uważa, że cała tajemnica prawidłowego rozwoju rośliny tkwi w prawidłowym dostarczaniu wody roślinie. Trzeba przyznać, że mają poniekąd rację. Podlewanie jest niezwykle ważą czynnością dla każdej rośliny, nie tylko drzewka bonsai. Ponieważ miniaturowe okazy uprawiane się w równie małych pojemnikach, to zapewnienie odpowiadanej wilgotności podłoża jest niezwykle ważne.

Najlepszą wodą do podlewania roślin jest deszczówka. Nie wszyscy jednak mają możliwość gromadzenia dużych zapasów wód deszczowych. Pozostaje więc woda z wodociągów. Należy jednak pamiętać, że wiele gatunków roślin nie toleruje wody twardej i bogatej w sole wapnia i magnezu. Woda wodociągowa zawiera także wiele dodatków poprawiających jej smak i jakość. Wykorzystując taką wodę do podlewania drzewek bonsai należy uprzednio odstawić ją na kilka godzin w otwartym pojemniku, aby związki chloru wyparowały. Latem podczas upałów konieczne może okazać się podlewanie drzewek kilka razy dziennie, zimną zaś często wystarcza nawadnianie tylko w czasie odwilży. Bez względu na porę roku, najlepsze porą na podlewanie w ciągu doby jest wieczór lub wczesny poranek. Drzewka należy podlewać wodą o temperaturze otoczenia.

Wyróżniamy trzy sposoby podlewania drzewek bonsai:

• Podlewanie „od góry” – pospolite podlewanie konewką z sitkiem powierzchni ziemi.
• Podlewanie przez zamoczenie – wkładamy drzewko wraz z donicą do pojemnika z odstaną wodą tak aby cała donica była pod wodą. Po około 30 minutach (zależy od wielkości donicy) wyjmujemy drzewko z wody i odstawiamy do obcieknięcia nadmiaru wody.
• Podlewanie zmechanizowane – automatyczny system nawaniania roślin stosowany przy większych uprawach.